Seniūnijos teritorija. Marcinkonių seniūnija viena didžiausių pagal plotą ne tik Varėnos rajone, bet ir Respublikoje, jos plotas yra 565 km² (56,5 tūkst. ha). Seniūnija iš vakarinės pusės ribojasi su Druskininkų savivaldybe, Merkinės seniūnija, iš pietinės – su Baltarusijos Respublika, iš rytinės – su Kaniavos ir Vydenių seniūnijomis, iš šiaurinės – su Varėnos seniūnija.

Seniūnijos įkūrimo istorija. Valsčius minimas Lietuvoje po I pasaulinio karo 1919 m., tačiau netrukus panaikintas. Lenkijoje valsčius įkurtas 1925 m. liepos 1 d. iš dalies Merkinės valsčiaus, Varėnos valsčiaus, Pariečės valsčiaus ir Beržtų valsčiaus žemių kairiajame Ūlos ir Merkio krante. 1925–1939 m. priklausė Antrosios Lenkijos Respublikos, Balstogės vaivadijos, Gardino apskričiai. 1939 m. rugsėjo pabaigoje valsčių užėmė Raudonoji armija ir prijungė prie Baltarusijos TSR,  Balstogės srities.

1940 m. sausio 15 d. valsčius panaikintas ir prijungtas prie naujai įkurto Pariečės rajono.

1941 m. sausio 15 d. Druskininkų, Marcinkonių ir Rudnios valsčiai, iki tol priklausę Baltarusijos TSR Pariečės rajonui ir Rodūnios rajonui, priskirti Lietuvos TSR. Oficialiai Marcinkonių valsčius LTSR įsteigtas tų pat metų vasario 17 d. Valsčius panaikintas 1950 m. birželio 20 d., jo teritorija priskirta naujam – Druskininkų rajonui, 1954 m. prijungta Darželių apylinkė, 1963 m. – dalis Kabelių apylinkės, dalis Perlojos apylinkės ir dalis Rodukos apylinkės.

Nuo 1955 m. Marcinkonių apylinkės centras ir jam priklausančių apylinkių teritorija priklauso Varėnos r.

Nuo 1995 m. Varėnos r. priklausanti Marcinkonių apylinkės teritorija vadinama Marcinkonių seniūnija.

Gyventojai. Seniūnijos teritorijoje yra 26 kaimai, juose savo gyvenamąją vietą iki 2025 m. gruodžio 31 d. deklaravo 960 gyventojai. Piesčių ir Bižų kaimuose 2025 m. savo gyvenamosios vietos nedeklaravo nei vienas gyventojas.

Didžiausi kaimai: Marcinkonių (442 gyv.) ir Kabelių (120 gyv.).

Mažiausi kaimai: Rudnios k.-1 gyv., Senovės k.-1 gyv., Dubininko k.-2 gyv., Paūlių k.-3 gyv., Dubo k.-4 gyv., Lavyso k.-4 gyv., Viršurodukio k.-5 gyv., Trakiškių k.-6 gyv., Kašėtų k.-8 gyv., Mančiagirės k.-10 gyv., Grybaulios k.-11 gyv.

Bendruomenės ir jų veikla. Marcinkonių seniūnijoje registruotos 10 bendruomenių ir 2 viešosios įstaigos: Darželių kaimo (bendruomenės pirmininkė Inga Grigienė); Kabelių kaimo (bendruomenės pirmininkas Petras Margelis); Marcinkonių kaimo (bendruomenės pirmininkė Rimutė Avižinienė); Margionių kaimo (bendruomenės pirmininkė Vilija Šimkonytė, vadovas Povilas Stonkus); Mančiagirės kaimo (bendruomenės pirmininkė Eglė Bardauskienė); Mardasavo kaimo draugija (pirmininkas Alvydas Kalanta); Musteikos kaimo „Musteikos pirkia“ (pirmininkas Justas Krasuckas); Zervynų kaimo bendruomenė (pirmininkas prof. dr. Saulius Vosylius); Žiūrų visuomeninė bendrija (pirmininkė Virginija Paulauskaitė), Kabelių kaimo asociacija „Grūdos kraštas“ (pirmininkė prof. dr. Rūta Petrauskaitė) ir VšĮ „Marcinkonys“ (iniciatyvinės grupės direktorė Lina Černiauskienė), VšĮ „Verpėjos“ (direktorė Laura Garbštienė).

Lankytinos vietos. Apie Marcinkonių seniūnijos teritorijoje lankytinas vietas skelbiama Varėnos rajono savivaldybės administracijos interneto svetainėje www.varena.lt, Dzūkijos nacionalinio parko ir Čepkelių valstybinio gamtinio rezervato direkcijos interneto svetainėje www.dzukijosparkas.lt, taip pat mobiliojoje aplikacijoje „varena@seasons“, kurią galima parsiųsti į mobiliuosius telefonus.

Marcinkonių kaime puoselėjama etnokultūrinė veikla. Taip pat labai populiarūs liaudies amatai: audimas, pynimas iš vytelių, šaknų, karnų, žvakių liejimas, margučių marginimas ir kt. Edukacines pamokas organizuoja Dzūkijos nacionalinio parko ir Čepkelių valstybinio gamtinio rezervato direkcija. 

Įstaigos, verslo įmonės:

• Marcinkonių daugiafunkcis centras;
• Marcinkonių kaimo biblioteka;
• Valstybės sienos apsaugos tarnybos Varėnos pasienio rinktinės Kabelių pasienio užkarda;
• Marcinkonių ugniagesių komanda;
• VMU Varėnos regioninio padalinio Marcinkonių girininkija;
• VMU Druskininkų regioninio padalinio Musteikos girininkija;
• Marcinkonių geležinkelio stotis;
• Dzūkijos nacionalinio parko ir Čepkelių valstybinio gamtinio rezervato direkcijos:

Lankytojų aptarnavimo skyrius Marcinkonių kaime,

Drevinės bitininkystės muziejus Musteikos kaime,

Etnografinė sodyba-muziejus Marcinkonių kaime,

Stėgalių stumbrynas.

• Marcinkonių seniūnijoje yra dvi bažnyčios – Marcinkonių Šv. apaštalų Simono ir Judo Tado bažnyčia ir Kabelių Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų bažnyčia;
• 3 parduotuvės;
• 1 kavinė ir kt.

Įžymūs kraštiečiai: Petras Zalanskas, Alfonsas Kondratas, Jonas Grigas, Albinas Marčinskas, Vaclovas Čiočys, Virgis Pugačiauskas, Danielius Mickevičius, Kazys Saja, Juozas Aputis, Romualdas Ozolas, Valentinas Sventickas, Romualdas Treinys,  Marija Liugienė, Kęstutis Trainavičius, Danutė Bekintienė, Rytis Martinkonis, Vytautas Paulaitis, Laimutis Pačkauskas, Romualdas Šumauskas, Vytautas Miškinis, Emilija Liegutė, Sigitas Tamulevičius, Petras Mendeika, Eugenijus Drobelis, Aldona Jankauskaitė, Kastytis Skromanas, Vygandas Čaplikas, Žymantas Morkvėnas, Raimonda Daunienė, Eugenijus  Peikštenis, Algis Čaplikas ir kiti.